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Vorab meine Antwort wird nur grob und nicht allzu fachlich ausfallen.

Wenn ich deine Beschreibung richtig verstanden habe hast du dir die platte durch das löschen der (schwarz gekennzeichneten Bereiche) deinen Platten die Strukturdaten "gekillt", diese sind absolut notwendig und werden vom RAID Controler eingerichtet und verwaltet. Der dafür notwendige Speicherplatz geht somit für das Betriebssytem verloren und kann nicht genutzt werden (daher auch schwarz).
Die Strukturdaten regeln den Umgang mit den Platten! Wie eine CD ohne Lead In und Lead Out.

Ich weis nicht ob es Programme gibt die so etwas wieder reparieren können, ich möchte es aber bezweifeln.

Vielleicht können dir hier einige andere hier besser helfen.