Das mit Neo ist ganz einfach: Er konnte in der Matrix ja wieder sehen, weil es nur über den Stecker ging, und nicht seine echten Augen.
Und das Neo alles so leuchtend gesehen hat, ist (relativ) einfach. Smith hat er gesehen, weil er halt das abgrundtief böse in dem Typ gesehen hat. Und die Maschinen konnte er sehen, weil sie ja 1. Elektromagnetisches Feld abstrahlen und er zusätzlich noch so ne komische Verbindung zu denen hatte, die war nie ganz weg. (Wahrscheinlich wegen dem Treff mit dem Architekten im 2er )
Trinity konnte er NICHT sehen. (Besser so

)
Was mit Neo am Ende allerdings ist, weiss ich nicht. Ob er hinüber ist, oder nur im Koma oder sonst was, konnte man nicht erkennen.

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