Unter WinXP:
-> START -> Ausführen -> msconfig -> Registerkarte: Boot.ini und dann den entsprechenden Eintrag löschen.
Alternativ kannst du auch die Boot.ini im Rootverzeichnis direkt editieren.
Nachfrage: So wie du es beschrieben hast, hast du Win98 und WinXP auf eine und die selbe Partition installiert???
Tipp: Wenn du zwei "Systempartitionen" einrichtest und Win98 auf LW C:\ und WinXP auf LW D:\ installierst, funktioniert das einwandfrei (hab ich hier auf dem Rechner auch)
