Wenn eine Festplatte mit 400GB angegeben ist, ist es normal, daß dir Windows weniger anzeigt da die Hersteller nicht mit 1024 sondern 1000 rechnen. Das dürfte den Schwund erklären.
Was ich nun och nicht ganz verstehe: Dir wird im Explorer / Arbeitsplatz nur eine Platte angezeigt und zwar nur die IDE Platte?
Hast du, wenn du einen Rechtsklick auf 'Arbeitsplatz' machst, dort Eigenschaften -> Hardware -> Gerätemanager auswählst, Fragezeichen neben Geräten stehen?