Das wird nicht funktionieren, Baum....
Bei der Installation werden ja hardwarespezifische Einstellungen in die diversen .ini Dateien von Windows 3.x geschrieben (eine Registry gab es ja noch nicht).
Aber DOS 6.x sollte funktionieren

Und da kannst du ja die CD ROM Treiber dann einbinden.
Hast du es eigentlich schonmal mit einem anderen Diskettenlaufwerk probiert? Vielleicht ist es ja gar nicht der Controller...