Das ist egal
. C:\ ist auch eine Partition, halt eben eine die den ganzen Speicherplatz der Festplatte zur Verfügung hat. Achja, pass aber auf wenn du beide gleichzeitig anschliesst... Die sind ja dann exakt gleich und beim booten von Windows kann das zu Problemen führen. Also aufpassen beim Jumpern und für Nummer sicher die boot.ini korrekt aktualisieren.