Richtig, die Gezeitenkraft des Mondes kann man auch noch bedenken. Außerdem passierte diese Erstarrung ja in einem sehr jungen Stadium des Sonnensystems, da ist bestimmt noch viel mehr durch die Gegend geflogen und auch auf der Erde eingeschlagen.
Es war vermutlich einfach nicht so, dass die Erde damals eine homogene Masse war, die unbeeinflusst abkühlen konnte. Da war ja sicher eine gewaltige Dynamik am Werk, da überrascht es doch nicht wenn sich die Kruste nicht homogen ausbildete. Aber ich bin auch keine Augenzeuge wie sich das abspielte
Außerdem gibt es ja auch heute noch zahlreiche "Hotspots" unter der Erdkruste, die beispielsweise die vulkanische Aktivität beeinflussen. Die Temperatur ist im Inneren der Erde also auch nicht gleichmässig verteilt.