Hört sich verdammt nach Pilzkiste an. Wahrscheinlich musst du einige Viren per Hand entfernen (siehe dazu die Seiten der Virenscanner-Hersteller und dort die Removal instructions). Virenscanner sind auch keine Wunderprogramme und Alleskönner; viele Viren und Würmer können nicht 100%ig von ihnen entfernt werden.
Ansonsten um sicherzugehen, dass das System wirklich sauber und unbeeinträchtigt ist:
neu installieren oder Backup einspielen.
